肠道功能紊乱的治疗药物需根据具体症状进行选择，常见药物包括调节肠道菌群药、促胃肠动力药、止泻药、解痉药及抗焦虑药等，需遵医嘱使用。
1、调节肠道菌群药
肠道菌群失衡可能导致腹胀、腹泻，可选用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等益生菌制剂。这类药物通过补充有益菌群，抑制致病菌生长，恢复肠道微生态平衡。
2、促胃肠动力药
适用于胃肠蠕动减慢引起的腹胀、便秘，常用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片、盐酸伊托必利片等。此类药物通过增强消化道蠕动，促进胃排空，改善功能性消化不良症状。
3、止泻药
针对腹泻症状，蒙脱石散可通过吸附肠道内毒素和水分改善腹泻；洛哌丁胺胶囊能抑制肠道蠕动延长内容物滞留时间，但细菌感染性腹泻需慎用。
4、解痉药
肠痉挛引起的腹痛可使用消旋山莨菪碱片、匹维溴铵片、枸橼酸阿尔维林胶囊等。这类药物通过阻断胆碱受体或直接松弛平滑肌缓解肠道痉挛性疼痛。
5、抗焦虑药
对于精神心理因素诱发的肠易激综合征，可在精神科医生指导下使用盐酸帕罗西汀片、草酸艾司西酞普兰片等药物，需注意此类药物不能自行随意使用。
出现肠道功能紊乱症状时，建议先进行大便常规、肠镜等检查排除器质性疾病。用药期间需避免辛辣刺激性饮食，保持规律作息。若症状持续加重或出现便血、消瘦等报警症状，应立即就诊消化内科进一步诊治。