阴茎根部两侧隐痛可能是生理性原因所致，也可能与前列腺炎、精索静脉曲张、泌尿系统感染等疾病因素有关。若症状持续或加重，建议及时就医明确病因。
1、生理性原因
长时间骑自行车、久坐或穿着过紧的衣物可能压迫阴茎根部，导致局部血液循环不畅出现隐痛。这种情况通常在去除诱因、适当休息后即可缓解，一般不会伴随排尿异常或发热等症状。
2、前列腺炎
久坐、憋尿或细菌感染可能引发前列腺炎症，炎症刺激会导致阴茎根部、会阴部放射性隐痛，常伴随尿频、尿急、排尿灼热感等症状。患者可遵医嘱使用左氧氟沙星片、盐酸坦索罗辛缓释胶囊、前列舒通胶囊等药物治疗，同时需避免饮酒和辛辣饮食。
3、精索静脉曲张
多见于青壮年，由于精索静脉回流受阻，可能出现阴茎根部、阴囊坠胀隐痛，站立时症状加重，平卧可缓解。轻度患者可使用迈之灵片、地奥司明片等药物改善循环，重度曲张需行腹腔镜精索静脉结扎术。
4、泌尿系统感染
尿道炎、膀胱炎等感染性疾病可能通过神经反射引起阴茎根部隐痛，通常伴有尿痛、尿液浑浊、血尿等症状。一般需根据药敏结果使用头孢克肟分散片、盐酸左氧氟沙星胶囊、三金片等药物治疗。
若排除生理因素后症状未缓解，建议到泌尿外科进行前列腺液检查、尿常规、阴囊彩超等检测。治疗期间应避免剧烈运动，保持外阴清洁干燥，每日更换棉质透气内裤，并严格遵医嘱规范用药，切忌自行购买抗生素服用。