低位肛瘘的治疗方法主要包括药物治疗、手术治疗、中医外治法、日常护理以及定期复查等，需根据患者具体情况制定方案。瘘管位置较低且病情较轻时，可先尝试保守治疗，但多数患者需手术干预。
1、药物治疗
若肛瘘合并感染，可遵医嘱使用抗生素控制炎症，如头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等。部分患者可配合外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等缓解局部红肿疼痛。需注意药物过敏者禁用，且抗生素不可长期使用。
2、手术治疗
低位肛瘘的首选治疗方式为瘘管切开术，通过切开瘘管促进愈合；或行瘘管切除术彻底清除病灶。术后需每日换药，保持创面清洁。存在活动性感染或全身性疾病未控制时需暂缓手术。
3、中医外治法
可选用复方荆芥熏洗剂、痔疮外洗液等中药制剂进行坐浴，每日1-2次，每次15分钟，有助于消肿止痛。但需注意熏洗温度控制在40℃左右，避免烫伤。
4、日常护理
保持肛门清洁，排便后建议用温水冲洗。饮食应清淡，增加膳食纤维摄入，避免辛辣刺激食物。每日进行提肛运动3-5次，每次10分钟，可改善局部血液循环。
5、定期复查
术后需每2周复查伤口愈合情况，持续2-3个月。保守治疗患者应每月复诊评估病情进展，若出现分泌物增多、疼痛加剧等情况需及时就诊调整方案。
低位肛瘘患者应避免自行挤压或挑破瘘管，防止感染扩散。治疗期间需严格遵循医嘱，术后3个月内避免剧烈运动或重体力劳动。若合并糖尿病、克罗恩病等基础疾病，需积极控制原发病。任何治疗方案均应在肛肠科医生指导下进行，不可随意中断治疗或更改用药方案。