肺孢子菌肺炎通常无法自愈，需及时进行抗感染治疗。其病情发展与患者免疫状态密切相关，若未及时干预可能引发呼吸衰竭等严重后果，因此建议尽早就医。
肺孢子菌肺炎多发生于免疫功能低下人群，例如艾滋病患者或长期使用免疫抑制剂者。此类患者的免疫系统无法有效清除病原体，若不使用抗真菌药物，感染可能持续加重。复方磺胺甲噁唑是常用治疗药物，可抑制肺孢子菌的叶酸代谢途径，从而控制病情进展。部分轻度感染患者经规范治疗后预后较好，但自行痊愈的可能性极低。
若未及时治疗，肺孢子菌肺炎可能引发低氧血症、急性呼吸窘迫综合征等并发症。早期诊断和规范用药是改善预后的关键，患者需严格遵医嘱完成疗程，避免擅自停药导致病情反复。日常需注意增强免疫力，定期复查评估治疗效果。