布加综合征的危害程度与病情进展密切相关，部分患者可能出现严重并发症。早期发现并及时治疗，多数患者的预后较好；但如果延误治疗，可能对健康造成较大威胁。
布加综合征的危害主要体现在肝脏血液循环障碍引发的系列病变。肝静脉或下腔静脉阻塞会导致门静脉高压，患者可能出现顽固性腹水、肝脾肿大等症状。随着病程进展，可能出现食管胃底静脉曲张破裂出血，这是最危险的并发症之一，可能导致失血性休克。部分晚期患者可能发展为肝硬化、肝功能衰竭，甚至需要肝移植才能维持生命。
及时规范治疗可显著改善预后。对于急性期血栓形成患者，抗凝治疗结合血管介入手术能有效恢复血流。慢性期患者通过血管成形术、支架置入等介入手段，多数能缓解症状。当出现严重肝损伤时，肝移植是最终治疗选择。日常需注意低盐饮食，定期监测凝血功能和肝功能指标。
建议确诊患者尽早在肝胆外科或血管外科就诊，通过超声、CT血管造影等检查评估病情。治疗过程中需严格遵医嘱用药，特别是抗凝治疗期间要定期监测凝血指标。保持积极治疗态度，多数患者通过规范治疗可获得较好生活质量。