石菖蒲与九节菖蒲虽然名称相似，但属于不同科属植物，功效作用存在一定差异。石菖蒲为天南星科植物，具有开窍化痰、醒神益智等功效；九节菖蒲为毛茛科植物，侧重开窍化痰、祛风除湿等作用。
1、开窍化痰
石菖蒲所含挥发油成分能促进中枢神经系统兴奋，适用于痰蒙心窍所致的神昏、癫痫。九节菖蒲通过抑制中枢神经异常放电，常用于高热引起的神志不清。
2、醒神益智
石菖蒲可改善脑部血液循环，临床用于健忘、失眠等认知功能障碍。九节菖蒲此功效较弱，更偏向调节神经递质平衡。
3、化湿和胃
石菖蒲通过调节消化酶活性改善湿阻中焦引起的脘腹胀满，九节菖蒲因含有生物碱成分，该作用相对有限。
4、祛风除湿
九节菖蒲中的白头翁素具有抗炎镇痛效果，适用于风湿痹痛、关节肿胀。石菖蒲在此领域应用较少。
5、解毒消肿
九节菖蒲外敷可减轻痈肿疮毒，其乙醇提取物对金黄色葡萄球菌有抑制作用。石菖蒲主要作用于消化系统，解毒功效不显著。
两者均需在中医师指导下使用，且不可互相替代。石菖蒲更适合神经系统和消化系统疾病，九节菖蒲多用于感染性疾病和风湿病症。使用前需准确辨证，避免误用导致疗效不佳或产生不良反应。