胃肠镜检查通常需要挂消化内科、普通外科或胃肠外科，部分医院可能设有独立的内镜中心。具体科室选择需根据患者症状及医院分科情况决定。
1、消化内科
消化内科是进行胃肠镜检查的主要科室，负责处理消化道常见疾病的诊断与治疗。若患者存在反复腹痛、反酸、嗳气、便血等消化系统症状，或需要定期筛查消化道肿瘤，均可前往该科室就诊。医生会根据病情开具电子胃镜、肠镜检查单，部分医院还提供无痛胃肠镜服务。
2、普通外科或胃肠外科
当胃肠镜检查发现息肉、肿瘤等需要外科干预的病变时，可能需要转诊至普通外科或胃肠外科。这类科室主要处理消化道出血、肠梗阻、胃肠道肿瘤等急重症，若患者已出现腹部包块、进行性消瘦、黑便等警示症状，可直接挂此类科室进行专项检查。
3、内镜中心
在分科较细的三甲医院，可能单独设立内镜中心。该部门专门开展各类内窥镜检查，配备专业麻醉团队实施无痛胃肠镜。患者持其他科室开具的检查申请单，或通过体检中心转介，可直接在内镜中心预约检查。
建议患者根据自身症状的轻重缓急选择科室，急性剧烈腹痛、呕血等情况需立即就诊急诊科。若对分科存在疑问，可提前通过医院官网查询或咨询门诊导诊台，检查前需严格遵循禁食、清肠等准备要求。