肉苁蓉在中医理论中通常被认为具有补肾阳的功效，但其药性平和，也可通过配伍用于精血不足的情况。该药材性温，归肾、大肠经，主要适用于肾阳虚衰引起的畏寒肢冷、腰膝酸软、阳痿早泄等症状。对于肾阴虚导致的潮热盗汗、五心烦热等表现，一般需配伍滋阴药物使用。
1、补肾阳
肉苁蓉含有的苯乙醇苷类成分能调节下丘脑-垂体-肾上腺轴，改善肾阳虚模型动物的体重下降和体温降低。临床常用于治疗肾阳不足引起的夜尿频多，常与巴戟天、菟丝子配伍。
2、益精血
该药材所含的松果菊苷等物质具有促进造血功能的作用，对于精血亏虚引起的肠燥便秘、月经量少，可配合当归、熟地黄等滋阴养血药协同起效。
3、润肠通便
肉苁蓉多糖能增加肠道黏液分泌，润滑肠壁，改善老年肾阳不足兼肠燥便秘者排便困难，常与火麻仁、枳壳同用。
使用肉苁蓉前需经中医师辨证，肾阴虚火旺者单独使用可能加重口干、失眠等症状。建议在医生指导下根据体质搭配龟甲胶、枸杞子等滋阴药物，以达到阴阳平衡的治疗效果。储存时应置于阴凉干燥处，防止有效成分分解。