肛门湿疹通常可以挂皮肤科、肛肠科或普外科就诊，具体科室选择需结合病情特点。若伴随其他症状或病因不明确，也可能需要到过敏反应科进一步检查。
1、皮肤科
肛门湿疹属于皮肤炎症性疾病，主要表现为局部红斑、丘疹、渗出及瘙痒。皮肤科医生可通过视诊、皮肤镜等检查明确诊断，并开具外用糖皮质激素软膏（如丁酸氢化可的松乳膏）、钙调神经磷酸酶抑制剂等药物，同时指导患者保持肛周清洁干燥。
2、肛肠科
若湿疹继发于痔疮、肛瘘等肛门直肠疾病，或伴有肛门潮湿、分泌物增多等情况，建议到肛肠科就诊。该科室医生更熟悉肛门局部解剖结构，可进行肛门指检或肛门镜检查，排除肛窦炎、肛周脓肿等疾病，必要时采用中药坐浴等局部疗法。
3、普外科
对于反复发作、形成慢性溃疡或疑似合并感染的严重病例，普外科医生可评估是否需手术干预。这种情况多见于长期搔抓导致皮肤苔藓样变的患者，可能需要手术切除病灶并进行病理检查。
若湿疹呈现对称性分布且伴有其他部位皮损，或存在食物、尘螨等可疑过敏因素，过敏反应科医生可通过斑贴试验、血清IgE检测等寻找致敏原。就诊前建议清洁患处但避免自行用药，穿着宽松透气的棉质内衣，记录发作频率与可能诱因，这些信息有助于医生准确判断病因。