做肠镜和胃镜一般需挂消化内科、普外科或胃肠外科、内镜中心等科室，具体需结合医院科室设置及病情选择。部分医院可能分科较细，就诊前可提前咨询导诊台。
1、消化内科
消化内科是进行胃肠镜检查的主要科室，主要负责消化道疾病的诊断和治疗。若患者存在腹痛、腹胀、反酸、便血等消化道症状，或需筛查早期肿瘤、息肉等病变，通常建议首选消化内科就诊。医生会根据症状开具胃肠镜检查单，并在检查后提供药物治疗或随访建议。
2、普外科或胃肠外科
若胃肠镜检查发现需手术处理的疾病，如较大息肉、肿瘤、消化道出血等，需转至普外科或胃肠外科进一步治疗。此类科室可进行内镜下息肉切除术、止血术等操作，也可开展开放性手术或腹腔镜微创手术。
3、内镜中心
部分大型医院设有独立的内镜中心，专门负责胃镜、肠镜等内窥镜检查。患者可直接在该科室预约检查，但需提前由首诊医生评估检查指征并开具检查单。检查后报告需返回原就诊科室或专科进行结果解读。
建议患者就诊前通过医院官网或电话了解科室设置，部分基层医院可能将胃肠镜诊疗合并至内科。检查前需严格遵循医嘱进行饮食控制、肠道准备，检查后需观察有无腹痛、便血等异常情况，及时向医生反馈。