阴超检查通常不会引起明显疼痛，但可能因个体差异、检查姿势或身体状态不同而出现轻微不适。多数受检者仅会感到下腹部轻微压迫感或酸胀感，检查结束后不适感即可缓解。
阴超探头直径约2厘米，表面覆盖医用耦合剂后经阴道置入。医生操作时动作轻柔，探头进入深度一般不超过8厘米。对于无妇科炎症且肌肉放松的受检者，检查过程中通常仅有异物感。若存在阴道炎、宫颈糜烂等妇科疾病，探头接触病变部位可能引发短暂刺痛。初次检查者因紧张导致的盆底肌群收缩，可能使探头移动时产生牵拉性疼痛，此时可通过深呼吸缓解。
建议检查前排空膀胱，穿着宽松衣物便于检查。月经期间应主动告知医生，必要时改期检查。有阴道手术史、生殖道畸形或严重盆腔粘连者，需提前向医生说明病史。检查后若出现持续腹痛或异常出血，应及时返院复查。