卡氏肺孢子菌肺炎大多数患者经过规范治疗可以治愈，但具体预后与病情严重程度、免疫状态以及是否合并并发症等因素有关。该病常见于免疫抑制人群，需结合抗感染及基础疾病管理进行综合治疗。
1、早诊早治
早期明确诊断并应用敏感抗菌药物是治愈的关键。复方磺胺甲噁唑是首选药物，可有效抑制病原体增殖。轻症患者治疗2-3周后临床症状多明显缓解，影像学改变通常在治疗后4-6周逐渐吸收。延误治疗可能导致病情快速进展。
2、免疫状态改善
HIV感染者需同时进行高效抗逆转录病毒治疗，使CD4+T淋巴细胞计数恢复至200/μl以上。器官移植患者需在医生指导下调整免疫抑制剂用量，维持适度的免疫抑制水平。基础免疫功能的恢复有助于防止复发。
3、并发症管理
合并呼吸衰竭者需氧疗或机械通气支持，急性呼吸窘迫综合征患者病死率可达30%-60%。继发细菌或真菌感染需根据药敏结果联用抗生素。合并多重感染或脓毒症休克患者需入住ICU进行器官功能支持。
患者应严格遵医嘱完成全程治疗，HIV感染者需终身监测CD4细胞计数。治疗期间每周复查血常规及肝肾功能，警惕药物性皮疹或骨髓抑制。免疫抑制人群出现持续干咳、发热、活动后气促时应及时进行胸部CT和病原学检查。