目前并没有能够直接杀灭HPV病毒的特效药物，但临床一般可通过干扰素、免疫调节剂、生物蛋白类药物、中成药等抑制病毒复制，帮助清除病毒。常用药物包括重组人干扰素α2b凝胶、咪喹莫特乳膏、抗HPV生物蛋白敷料、保妇康栓、干扰素栓剂等。
1、重组人干扰素α2b凝胶
该药物属于干扰素类制剂，能够通过调节宫颈局部免疫反应，增强巨噬细胞的吞噬功能，抑制HPV-DNA的转录过程，从而干扰病毒复制。临床多用于宫颈柱状上皮异位合并HPV感染的情况。
2、咪喹莫特乳膏
作为免疫应答调节剂，可诱导局部产生干扰素、肿瘤坏死因子等细胞因子，激活朗格汉斯细胞，增强机体对HPV的细胞免疫应答。适用于外生殖器及肛周部位的尖锐湿疣治疗。
3、抗HPV生物蛋白敷料
此类敷料含有羧基负电荷官能团，可通过电荷吸附作用破坏HPV病毒蛋白结构，阻断病毒与宿主细胞结合。通常需在医生操作下进行宫颈管上药，每周治疗1次。
4、保妇康栓
该中成药含有莪术油等成分，具有行气破瘀、清热止痛的功效，可改善宫颈炎性环境。中医认为其能通过祛除湿热瘀毒，恢复机体正气血循环，间接达到扶正祛邪的作用。
5、干扰素栓剂
这类栓剂中的α-干扰素成分可与细胞表面受体结合，诱导细胞产生抗病毒蛋白，阻止病毒核酸合成。通常需阴道给药，对高危型HPV持续感染具有辅助治疗作用。
HPV感染的治疗需根据病毒分型、感染部位制定方案。药物治疗期间应避免性生活，保持外阴清洁，并每3-6个月复查HPV检测和TCT检查。若出现宫颈上皮内瘤变，需结合物理或手术治疗。