先天性肛门闭锁患者若未及时治疗或术后护理不当，可能对生长发育及生活质量造成一定影响。该疾病的预后与闭锁类型、手术时机及术后恢复情况密切相关。
1、及时治疗的情况
若在婴幼儿期接受规范手术矫正（如肛门成形术），多数患儿可恢复接近正常的排便功能。术后需定期复查肛门扩张情况，部分患者可能出现轻度排便控制障碍，但通过康复训练（如生物反馈治疗）可改善。
2、未及时治疗的情况
未接受手术者会完全无法排便，导致进行性肠梗阻、粪石嵌顿、肠穿孔等严重并发症。新生儿期可能出现腹胀、呕吐等完全性肠梗阻症状，若不干预可能继发感染性休克甚至危及生命。
3、术后远期并发症
约20%-30%患者可能出现肛门狭窄，需长期扩肛治疗；高位闭锁术后可能出现大便失禁或便秘，与直肠肛门神经肌肉发育异常相关。少数合并泌尿生殖系统畸形的患者，成年后可能面临生育功能异常。
建议先天性肛门闭锁患儿出生后尽早就诊小儿外科，术后坚持遵医嘱进行肛门护理和功能锻炼。成年患者若存在排便障碍，可考虑进行肛肠动力学评估及针对性康复治疗，必要时需心理干预改善社会适应能力。