毛囊炎的治疗需根据病因和病情严重程度选择合适药物，不存在绝对最有效的药物。细菌感染常用抗生素类药膏，真菌感染需用抗真菌药物，严重时可配合口服药物。日常护理和物理治疗也有辅助作用。
细菌性毛囊炎可局部使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏或复方多黏菌素B软膏，这类抗生素药膏能抑制金黄色葡萄球菌等致病菌繁殖。若出现疖肿或扩散，可口服头孢克肟片、阿莫西林胶囊或盐酸米诺环素片控制感染，用药周期通常5-7天。
真菌感染引发的毛囊炎需应用酮康唑乳膏、联苯苄唑乳膏或特比萘芬凝胶，这类药物通过破坏真菌细胞膜发挥作用。顽固性病例可口服伊曲康唑胶囊，但需监测肝功能。合并炎症反应时，可短期使用曲安奈德益康唑乳膏等复方制剂。
日常需保持皮肤清洁干燥，避免挤压患处。化脓性病灶可配合红外线照射促进愈合。若反复发作或伴有发热，应及时就医进行细菌培养和药敏试验，根据结果调整治疗方案，切勿自行长期使用抗生素。