肛门不适通常可以挂肛肠科、普外科或消化内科，具体就诊科室需根据症状和病因进行选择。若伴有排便异常或疼痛，建议优先考虑肛肠科。
1、肛肠科
肛肠科主要诊治肛门、直肠及周围组织的疾病。例如痔疮、肛裂、肛瘘等常见问题均属该科室诊疗范围。若出现肛门肿物脱出、排便时撕裂样疼痛或肛门周围流脓等症状，可通过肛门指检、肛门镜等检查明确诊断。对于急性血栓性外痔，可能需要行痔切除术。
2、普外科
当存在肛周脓肿、坏死性筋膜炎等急症情况时，普外科可处理需外科干预的感染性疾病。这类疾病常表现为肛门周围红肿热痛，伴发热等全身症状。医生可能通过超声检查评估脓肿范围，必要时进行切开引流术。
3、消化内科
若肛门不适伴随腹泻、黏液血便或里急后重感，可能与溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病相关。消化内科可通过结肠镜检查、粪便钙卫蛋白检测等手段评估肠道黏膜情况，并制定免疫抑制剂或生物制剂治疗方案。
就诊前建议观察记录症状特点，如疼痛性质、排便习惯改变等。若出现持续出血、剧烈疼痛或发热等急症表现，应及时前往急诊科。三级医院多设有独立的肛肠专科，社区医院可选择普外科初诊后转诊。