林奇综合征的确诊通常需要结合家族史、临床特征以及分子遗传学检测，主要检查包括微卫星不稳定性检测、免疫组化分析和基因检测等。具体诊断需在医生指导下进行。
1、微卫星不稳定性检测
微卫星不稳定性是林奇综合征的重要分子标志物，可通过检测肿瘤组织中的微卫星序列变化来判断。若结果为高度不稳定，提示可能存在错配修复基因缺陷，需进一步验证。该检测通常采用PCR或二代测序技术完成。
2、免疫组化分析
通过病理切片检测MLH1、MSH2、MSH6和PMS2四种错配修复蛋白的表达情况。若发现一种或多种蛋白表达缺失，可初步推测存在基因突变。此方法快速且成本较低，常作为初筛手段。
3、基因检测
直接对MLH1、MSH2、MSH6、PMS2以及EPCAM基因进行DNA测序，可明确是否存在致病性突变。血液样本检测可发现胚系突变，而肿瘤组织检测则能区分遗传性与散发性病例。该检测是确诊的金标准。
确诊过程中还需结合家族史评估，若家族中多人患结直肠癌、子宫内膜癌等林奇相关肿瘤，或符合阿姆斯特丹标准，则需提高筛查频率。建议患者选择有资质的遗传咨询机构，根据检测结果制定个体化监测方案，例如定期肠镜和妇科检查，以实现早诊早治。