疱疹咽峡炎和手足口病可通过病原体类型、症状分布以及并发症风险进行区分。两者均由肠道病毒感染引起，但具体病毒亚型及临床表现存在差异，需结合具体情况判断。
1、病原体类型
疱疹咽峡炎主要由柯萨奇病毒A组引起，而手足口病常见病原体为柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型（EV71）。不同病毒亚型导致感染后引发的症状范围和严重程度有所区别。
2、症状分布
疱疹咽峡炎的疱疹集中在咽峡部，表现为咽后壁、软腭等部位的灰白色小水疱，可能伴有高热。手足口病除口腔疱疹外，手掌、足底及臀部常出现红色斑丘疹或水疱，部分患儿膝盖、肘部也有皮疹，体温多为中低热。
3、并发症风险
手足口病重症病例可能出现脑炎、肺水肿等并发症，尤其是EV71感染可能引起神经系统损害。疱疹咽峡炎多数为自限性疾病，极少出现严重并发症，但个别患儿可能因持续高热引发惊厥。
若患儿出现口腔疱疹合并肢体皮疹、持续高热或精神萎靡等症状，建议及时到儿科或感染科就诊，通过咽拭子病毒检测明确病原体类型，以便早期识别重症倾向并给予针对性治疗。