奇恒之腑与五脏六腑的本质区别主要在于生理功能、形态结构及所属脏腑的范畴不同。在中医理论中，奇恒之腑包括脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，五脏为心、肝、脾、肺、肾，六腑为胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦。
1、生理功能
奇恒之腑既具有“藏精气”的类似脏的功能，又具备“传化物”的部分腑的特点，例如胆贮存胆汁并参与消化。而五脏主藏精气而不泻，六腑主传化水谷而不藏，如胃负责受纳腐熟食物，脾负责运化水谷精微。
2、形态结构
奇恒之腑多呈中空管腔性器官，如脉管、胆道等，但功能上更接近脏的藏精特性。五脏多为实质性脏器，如心、肝的实体结构；六腑则全部为中空囊状器官，如胃、肠道的空腔构造。
3、所属脏腑
胆是唯一同时归属于奇恒之腑和六腑的器官，因其既贮存胆汁（类似藏精），又排泄胆汁参与消化（类似传化）。其他奇恒之腑如脑、髓等不列入五脏六腑体系，而三焦作为六腑之一并无实体脏器对应。
若需进一步区分二者在临床中的应用，建议结合具体病症的中医辨证体系，在专业医师指导下进行脏腑功能调理。日常可通过观察舌象、脉象等体表征象辅助判断脏腑状态，但需避免自行诊断。