使用漱口水替代清水漱口是否更有效不能一概而论，需根据具体需求判断。漱口水在抑菌和预防口腔疾病方面有一定优势，而清水在基础清洁和安全性上更具普适性。
漱口水含有氯己定、西吡氯铵等抗菌成分，能抑制牙菌斑形成并减少牙龈炎症发生概率。对于存在牙龈出血、口腔溃疡或正畸期间的人群，短期使用医用漱口水可辅助控制细菌繁殖。但部分漱口水含酒精，长期使用可能破坏口腔菌群平衡，导致口干或味觉异常。清水漱口主要通过物理冲刷去除食物残渣，不会干扰口腔自身防御机制，适合日常饭后清洁及儿童使用。清水无化学成分刺激，对于口腔黏膜敏感者更为安全。
若以预防龋齿为目标，含氟漱口水比清水更能增强牙釉质抗酸蚀能力。但需注意，无论是何种漱口水都无法替代刷牙的机械清洁作用。建议健康人群优先选择清水漱口，特殊情况下可在口腔医生指导下短期使用药用漱口水，使用后30分钟内避免饮水以维持效果。