褪黑素治疗失眠可能会有一定的副作用，但通常较轻微且因人而异。长期或过量使用可能增加不良反应风险，建议在医生指导下合理使用。
褪黑素属于激素类物质，短期使用常见副作用包括头晕、头痛、嗜睡等神经系统症状，部分人可能出现恶心、胃部不适等消化道反应。这些症状通常在停药后自行缓解，但用药期间需避免驾驶或操作精密仪器。长期使用可能干扰自身褪黑素分泌，导致睡眠节律紊乱，甚至影响甲状腺、性腺等内分泌功能。
特殊人群如孕妇、哺乳期女性、自身免疫性疾病患者及肝肾功能不全者，使用褪黑素可能加重身体负担。儿童和青少年因内分泌系统尚未发育完善，若无明确适应症不建议服用。若失眠伴随焦虑、呼吸困难等症状，需警惕其他潜在疾病，及时就医排查病因。
使用褪黑素应遵循最小有效剂量和最短疗程原则，连续服用不宜超过3个月。服药期间建议定期监测睡眠质量变化，避免与抗凝药、免疫抑制剂等联合使用。对于慢性失眠患者，认知行为疗法等非药物干预应作为首选治疗方案。