无痛胃肠镜检查在麻醉状态下进行，通常不会引起明显不适感。但由于个体差异或操作因素，部分人群可能出现轻微不适，但多数可自行缓解。
无痛胃肠镜检查过程中会使用静脉麻醉药物如丙泊酚，使受检者处于睡眠状态，从而消除操作带来的疼痛或恶心等反应。检查结束后，麻醉药物代谢较快，多数人在30分钟内可完全清醒。少数人可能有短暂头晕、乏力，属于正常药物反应，休息后即可恢复。检查后腹胀、轻微腹痛或喉咙异物感可能与术中注气或内镜摩擦有关，通常1~2天自行消失。
建议检查前严格遵医嘱禁食，避免麻醉风险。术后2小时内禁水禁食，24小时内避免驾驶或高空作业。若出现持续腹痛、呕血或黑便，需及时就诊。