先天性巨结肠的确诊需结合临床表现、影像学检查及病理学分析。常用方法包括腹部X线检查、钡剂灌肠造影、肛门直肠测压及直肠活检等，具体需由医生综合判断。
1、腹部X线检查
通过腹部X线平片可观察到结肠扩张、低位肠梗阻等间接征象。新生儿若出现肠管积气扩张与狭窄段形成的对比影像，可提示先天性巨结肠可能，但需结合其他检查进一步确认。
2、钡剂灌肠造影
将钡剂注入肠道后，通过X线动态观察可发现病变肠段的痉挛狭窄与近端肠管扩张形成的“移行区”。该检查对1个月以上婴儿的诊断准确率较高，但新生儿因肠道发育未完善可能出现假阴性结果。
3、直肠测压检查
通过检测直肠肛管压力变化，评估直肠肛门抑制反射是否存在。先天性巨结肠患者因肠壁神经节细胞缺失，通常表现为该反射消失。此检查无创但需患儿配合，适用于3个月以上婴儿。
4、直肠活检病理检查
通过直肠黏膜吸引活检或全层活检，在显微镜下观察肠壁神经节细胞缺失情况。组织病理学发现黏膜下层及肌间神经丛缺乏神经节细胞是确诊的金标准，但属于有创操作需严格掌握适应症。
若婴儿出现出生后24-48小时未排胎便、反复腹胀、呕吐或慢性便秘等症状，应及时到小儿外科就诊。医生会根据病情选择阶梯式检查方案，早期诊断有助于改善预后。确诊后需通过手术治疗恢复肠道正常功能，家长应严格遵循医嘱进行术前准备及术后护理。