消旋山莨菪碱与阿托品在药物来源、药理作用强度及副作用等方面存在区别。两者均为抗胆碱药，但消旋山莨菪碱对平滑肌解痉作用较强且中枢作用较弱，而阿托品作用范围更广但副作用更明显。
1、药物来源不同
消旋山莨菪碱是从茄科植物山莨菪中提取的生物碱，属于天然成分；阿托品则是人工合成的外消旋体，其结构为莨菪碱的消旋形式。
2、药理作用差异
消旋山莨菪碱主要作用于外周M受体，对胃肠道平滑肌的解痉效果显著，但不易透过血脑屏障，中枢兴奋作用微弱。阿托品能广泛阻断M胆碱受体，可透过血脑屏障引起中枢兴奋，对唾液腺、眼内平滑肌的抑制效应更突出。
3、适应症不同
消旋山莨菪碱多用于胃肠绞痛、胆道痉挛及感染性休克；阿托品适用于有机磷中毒、麻醉前抑制腺体分泌、缓慢性心律失常以及散瞳验光等，在抢救休克时需更大剂量。
4、副作用程度
阿托品易引发口干、心率加快、视物模糊等反应，大剂量可能导致中枢神经兴奋症状如烦躁、谵妄；消旋山莨菪碱因不易进入中枢，罕见中枢毒性，外周副作用也相对较轻。
使用抗胆碱药物需严格遵循医嘱，根据具体病症选择合适药物。治疗感染性休克时两者均可使用，但需注意阿托品过量可能诱发尿潴留和肠麻痹。出现瞳孔散大、皮肤潮红等反应时应及时告知医务人员调整用量。