崖柏长期使用可能存在一定的副作用，通常与使用方式、剂量以及个体差异有关。其成分中含有的挥发油及部分生物碱可能对部分人群产生不良影响，需谨慎使用。
1、毒性成分蓄积
崖柏的某些挥发性成分如萜类化合物在长期或过量摄入时可能产生蓄积效应，可能引起中枢神经系统抑制，表现为头晕、嗜睡等症状。动物实验显示高剂量崖柏提取物可能影响神经递质平衡。
2、肝肾代谢负担
长期大剂量使用可能增加肝脏代谢压力，特别是对于原有肝功能异常者，可能影响细胞色素P450酶活性。临床曾有个案报道连续使用崖柏制剂3个月以上出现转氨酶升高的情况。
3、过敏反应风险
含有的α-柏木烯等成分可能引发过敏体质者出现接触性皮炎或呼吸道刺激症状。流行病学调查显示约2-5%人群对柏科植物存在过敏反应，表现为皮肤瘙痒、鼻黏膜水肿等。
使用崖柏相关制品时应严格遵循医嘱，特别是作为中药材使用时需辨证施治。建议初次使用者进行皮肤斑贴试验，连续使用不宜超过1个月，用药期间定期监测肝肾功能指标。出现恶心、皮疹等不适症状应立即停用并就医，避免与其他中枢抑制剂联合使用。