盐酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖的主要成分差异在于结合的酸根不同。前者含有盐酸根，后者含有硫酸根，两者的稳定性和含盐量也存在一定区别。
1、酸根成分不同
盐酸氨基葡萄糖的分子结构中结合的是盐酸根（Cl⁻），而硫酸氨基葡萄糖结合的是硫酸根（SO₄²⁻）。这种差异导致两者在化学性质上有所区别。例如，硫酸氨基葡萄糖的稳定性相对较低，通常需要添加氯化钠作为稳定剂，而盐酸氨基葡萄糖通常无需额外稳定剂。
2、稳定性与含盐量不同
盐酸氨基葡萄糖由于分子结构更稳定，在储存过程中不易分解，且纯度较高。硫酸氨基葡萄糖因需添加氯化钠（约含20%-30%），可能导致钠含量升高，对需要低钠饮食的人群（如高血压患者）可能存在一定影响。
3、吸收与适用人群差异
尽管两者核心成分均为氨基葡萄糖，但部分研究表明硫酸氨基葡萄糖可能因硫酸根参与软骨代谢而更易被吸收。然而，目前尚无明确证据证明两者疗效存在显著差异。选择时需结合患者个体情况，如对钠摄入敏感者建议优先考虑盐酸氨基葡萄糖。
需注意的是，两种药物均需在医生指导下使用，尤其对于合并其他慢性疾病（如心血管疾病、肾功能异常）的患者，应综合考虑药物成分差异及自身健康状况后选择合适剂型。