盐酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖的疗效差异通常不大，两者均可用于改善骨关节炎相关症状，具体效果可能因个体差异或制剂不同而有所区别。
1、有效成分含量差异
硫酸氨基葡萄糖的制剂中常含有约20%的氯化钠作为稳定剂，实际氨基葡萄糖含量相对较低。而盐酸氨基葡萄糖纯度较高，同等剂量下氨基葡萄糖的有效成分含量更高，但具体生物利用度可能受辅料影响。
2、适应症范围
两种药物均适用于缓解骨关节炎的疼痛、僵硬等症状，部分临床研究显示硫酸氨基葡萄糖对软骨修复有潜在作用，但循证医学证据尚不充分。盐酸氨基葡萄糖在改善关节活动度方面可能与硫酸盐制剂效果相近。
3、用药安全性
硫酸氨基葡萄糖因含氯化钠，长期使用可能对高血压患者产生不利影响。盐酸氨基葡萄糖不含额外钠盐，更适合需控制钠摄入人群，但两种制剂均可能引起轻度胃肠道不适，发生率约为5%-10%。
骨关节炎患者选择药物时，建议根据基础疾病、药物耐受性及医生建议综合考虑。用药期间需定期评估关节症状变化，避免同时服用其他含氨基葡萄糖的保健品。对甲壳类过敏者禁用，严重肝肾功能不全者需调整剂量。