衣原体感染不治疗能否自愈需根据具体类型判断。沙眼衣原体引起的生殖道感染通常难以自愈，而肺炎衣原体引起的呼吸道感染可能自愈但存在风险。
沙眼衣原体感染属于性传播疾病，若不进行规范治疗，病原体可持续存在于泌尿生殖系统。这种感染可能引发盆腔炎、输卵管粘连，严重时会导致女性不孕或宫外孕。男性感染者可能出现附睾炎或尿道狭窄，建议通过阿奇霉素、多西环素等抗生素进行规范治疗。
肺炎衣原体感染引起的呼吸道疾病，在免疫功能正常的人群中可能出现自限性病程。部分轻症患者通过充分休息、加强营养支持后，咳嗽和低热症状可能逐渐缓解。但免疫力低下者可能出现病情迁延，甚至并发支气管炎或肺炎，此时需使用罗红霉素、左氧氟沙星等药物治疗。
出现衣原体感染相关症状时，建议及时进行病原体检测。即使暂时没有明显症状，携带状态仍可能造成健康隐患或疾病传播。临床治疗需根据药敏试验结果选择敏感抗生素，完成规定疗程后需复查确认病原体清除情况。