乙肝E抗原转阴并不一定意味着疾病痊愈，需结合其他检查指标综合判断。该结果可能提示病毒复制受到抑制或发生病毒变异，具体情况需通过乙肝五项定量、HBV-DNA检测等进一步确认。
1、病毒复制受抑制
乙肝E抗原转阴同时出现E抗体阳性（即HBeAg血清学转换），且HBV-DNA检测值低于检测下限时，通常提示病毒复制活跃性降低，机体免疫系统对病毒产生有效控制。这种情况下患者肝损伤风险下降，但仍需持续监测，因为乙肝病毒并未被彻底清除。
2、病毒基因变异
部分患者E抗原转阴是由于前C区或核心启动子区基因突变导致，此时HBV-DNA仍处于较高水平，可能伴随肝功能异常。这种变异可能导致更严重的肝纤维化或肝硬化进展，需通过耐药基因检测明确变异类型，并调整抗病毒治疗方案。
即使达到临床治愈标准（HBsAg转阴且HBV-DNA阴性），患者仍存在病毒再激活风险。建议每3-6个月复查乙肝五项、HBV-DNA、肝功能及肝脏超声，长期服用抗病毒药物者不可擅自停药。日常生活中需严格戒酒，避免使用肝毒性药物，保持规律作息以维持免疫系统稳定。