乙肝疫苗不能完全预防乙肝病毒感染，但可以显著降低感染风险。其有效性通常与接种后产生的抗体水平、病毒变异情况以及个体免疫状态有关。
乙肝疫苗的保护效果主要取决于接种后是否产生足够滴度的表面抗体。若抗体滴度大于10mIU/ml，一般认为具有保护作用，但仍有极少数人因抗体应答不足而存在感染风险。此外，乙肝病毒存在S基因变异株的可能性，可能导致疫苗诱导的抗体无法有效中和变异病毒。免疫功能低下人群如艾滋病患者、器官移植受者等，疫苗应答率可能降低约30%-50%。
为维持免疫效果，建议接种后1-2个月进行乙肝五项定量检测。对于医务人员、乙肝患者家属等高危人群，若表面抗体滴度低于10mIU/ml需及时补种加强针。若发生乙肝病毒暴露，即使已完成疫苗接种，仍应在24小时内注射乙肝免疫球蛋白并进行医学观察。日常仍需注意避免血液、体液接触等传播途径，做好综合性预防措施。