流行性乙型脑炎可能遗留运动障碍、认知障碍、语言障碍、癫痫以及精神行为异常等神经系统后遗症。本病由乙型脑炎病毒感染引起，病毒侵袭中枢神经系统后可导致脑实质损伤，部分重症患者恢复期可能出现不同程度的神经功能障碍。
1、运动障碍
病毒损伤大脑运动区或锥体外系可能导致肌张力增高、肢体强直或瘫痪，患者可能出现行走困难、持物不稳等表现，严重者可能长期卧床。此类患者需通过康复训练改善运动功能。
2、认知障碍
乙脑病毒侵犯颞叶、额叶等区域时，可能引起记忆力减退、注意力不集中或智力下降，儿童患者可能出现智力发育迟缓。部分患者可通过认知训练和药物干预缓解症状。
3、语言障碍
脑炎累及语言中枢可能引发失语症，患者可能出现表达困难、词不达意或理解障碍。部分患者伴随构音障碍，表现为发音含糊不清，需通过语言康复治疗逐步恢复。
4、癫痫
脑实质炎症后形成的瘢痕可能成为异常放电病灶，约20%-30%患者可能出现癫痫发作，表现为肢体抽搐、意识丧失等。临床常用丙戊酸钠、左乙拉西坦等抗癫痫药物控制发作。
5、精神行为异常
部分患者恢复期可能出现情绪不稳定、易激惹、幻觉或人格改变，可能与边缘系统受损有关。此类症状需结合心理疏导和药物治疗进行干预。
乙脑后遗症的发生与病情严重程度密切相关，重症患者遗留功能障碍的风险较高。发病后早期开展高压氧、针灸等综合康复治疗有助于减轻后遗症。若患者出现肢体活动受限、异常抽搐或精神症状，应及时到神经内科就诊评估。