乙型脑炎可能引发智力障碍、运动障碍、癫痫、精神障碍、听力或视力受损等严重后遗症。这些后遗症多出现在重症患者中，尤其是未及时治疗或病情进展较快的病例。
1、智力障碍
乙型脑炎病毒可损伤大脑皮层及海马区神经元，导致认知功能下降。患者可能出现记忆力减退、语言能力丧失、学习困难等症状，儿童患者可能伴随发育迟缓。
2、运动障碍
基底神经节和脊髓前角细胞受损可能引起运动功能障碍。典型表现为肢体强直性瘫痪、肌张力异常、不自主震颤，严重者可能出现吞咽困难或步态失调。
3、癫痫
脑实质炎症遗留的异常放电灶可能导致继发性癫痫。患者可能反复出现全身强直阵挛发作，部分病例会发展为药物难治性癫痫，需长期抗癫痫治疗。
4、精神障碍
额叶及边缘系统受损可能引发情感调节异常。常见表现包括情绪失控、攻击性行为、幻觉妄想等精神症状，部分患者可能出现人格改变。
5、听力或视力受损
病毒侵袭听神经或视神经通路时，可能导致感音神经性耳聋、视野缺损或视神经萎缩。此类损伤多为不可逆性，需借助助听器或视觉辅助设备改善生活质量。
乙型脑炎患者度过急性期后，建议尽早开展神经功能康复训练，包括物理治疗、认知训练及心理干预。定期进行脑电图、头颅MRI等检查有助于评估神经损伤程度，后续治疗需严格遵循神经科医师指导。