隐形虫感染一般可通过药物治疗、手术治疗、预防措施等方式进行根治，具体方法需根据感染类型和病情严重程度由医生决定。常见的病原体如阿米巴原虫、蓝氏贾第鞭毛虫等感染，通常需要综合治疗。
1、药物治疗
抗原虫药物是主要治疗手段，例如甲硝唑可通过抑制原虫DNA合成杀灭溶组织内阿米巴滋养体；替硝唑对贾第鞭毛虫感染效果显著；氯喹可用于治疗阿米巴肝脓肿。重症患者可能需要联用二氯尼特等肠腔内杀虫剂，以清除包裹体。
2、手术治疗
当出现阿米巴肝脓肿直径超过5厘米或合并细菌感染时，需超声引导下穿刺引流。肠穿孔或大出血等急腹症患者需急诊手术清除坏死组织并进行修补，术后需持续抗虫治疗4-6周。
3、预防与卫生管理
饭前便后需用肥皂彻底洗手，水果蔬菜需用净水浸泡15分钟以上。患者餐具应煮沸消毒20分钟，内衣裤需用含氯消毒剂浸泡处理。疫区旅行者应避免饮用生水，建议饮用瓶装水或煮沸3分钟以上的开水。
治疗期间需严格遵医嘱完成药物疗程，即使症状消失也不可自行停药。建议治疗结束后每月复查粪便抗原检测，连续3次阴性可确认根治。合并免疫缺陷的患者需延长随访周期至半年，防止机会性感染复发。