隐形虫感染通常需要进行粪便常规检查、分子生物学检测、免疫学检测、内镜检查以及组织活检等，具体检查方式需结合患者症状由医生决定。
1、粪便常规检查
通过显微镜观察粪便样本中是否存在虫卵、幼虫或寄生虫体，是初步筛查肠道寄生虫感染的常用手段。隐孢子虫等原虫类寄生虫可通过特殊染色法提高检出率。
2、分子生物学检测
采用PCR技术检测粪便或组织样本中的寄生虫DNA，具有高灵敏度和特异性，可准确识别隐孢子虫、贾第鞭毛虫等难以通过常规方法检测的病原体。
3、免疫学检测
通过酶联免疫吸附试验检测血液中特异性抗体或粪便中的抗原，适用于隐孢子虫等寄生虫的辅助诊断，尤其对于慢性或迁延性感染有较高诊断价值。
4、内镜检查
当怀疑寄生虫感染累及消化道深层组织时，可能需进行胃镜或肠镜检查，可直接观察黏膜病变并采集活体组织样本。
5、组织活检
对于侵入性寄生虫感染或合并严重并发症的患者，通过病理学检查活检组织中的虫体结构或特征性病理改变，可明确感染类型和损害程度。
若出现长期腹泻、腹痛、营养不良等症状，建议尽早就诊感染科或消化科。医生会根据患者流行病学史、临床表现选择相应检查，部分检测需多次取样以提高准确性，避免自行使用驱虫药物干扰诊断。