孕期亲子鉴定的准确率通常可达到99%以上，具体数值与检测方法及样本质量密切相关。目前常用的技术包括无创胎儿DNA检测和羊膜腔穿刺等，不同方式在安全性和精确度上存在差异。
无创胎儿DNA检测通过采集孕妇外周血中游离的胎儿DNA进行分析，孕满5周即可进行。该技术对母胎无创伤，其准确率普遍在99.2%-99.9%之间，若检测显示亲子关系不成立，结论接近100%可靠。羊膜腔穿刺术需在孕16-24周实施，通过染色体核型分析可获得超过99.99%的准确率，但存在0.1%-0.3%的流产风险。绒毛膜取样术准确率与羊水穿刺相当，适用于孕11-14周，但操作风险相对较高。
检测结果的可靠性还受实验室资质、孕周计算准确性以及样本污染风险等因素影响。建议选择具备《医疗机构执业许可证》和《临床基因扩增检验实验室技术验收证书》的正规检测机构，严格遵循医嘱进行样本采集。若检测结果出现小概率的模糊结论，需配合医生进行复检确认。