眨眼时眼睛疼痛可能是用眼过度、结膜炎、角膜炎、干眼症等原因引起的，需结合具体原因处理。以下是常见原因及相关分析：
1、用眼过度
长时间看电子屏幕或熬夜会导致眼肌疲劳，眨眼时眼部肌肉收缩可能引发酸胀疼痛。此时可能伴随眼干、视物模糊等症状，建议闭眼休息或热敷缓解。
2、结膜炎
细菌或病毒感染引起的结膜充血、分泌物增多，眨眼时眼睑摩擦结膜会产生刺痛感。可遵医嘱使用左氧氟沙星滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶、妥布霉素滴眼液等药物控制炎症。
3、角膜炎
角膜受病原体感染或外伤后，可能出现畏光、流泪、剧烈疼痛等症状，眨眼会加重角膜上皮损伤。需使用阿昔洛韦滴眼液、氟康唑滴眼液等抗感染药物，严重者需住院治疗。
4、干眼症
泪液分泌不足或蒸发过快时，眨眼润滑作用减弱，可能导致眼睛干涩、摩擦性疼痛。可通过玻璃酸钠滴眼液、聚乙二醇滴眼液等人工泪液补充水分，同时减少空调和电子设备使用。
若疼痛持续超过24小时，或伴随视力下降、大量分泌物等症状，需及时到眼科就诊排查青光眼、巩膜炎等疾病。避免自行揉眼或使用成分不明的眼药水，日常注意用眼卫生和合理休息。