针灸疗法作为传统中医疗法，在正确操作下通常较为安全，但仍存在部分可能被忽视的危害，主要包括内脏损伤、晕针反应、交叉感染、神经损伤以及延误病情等。
1、内脏损伤
胸背部穴位如针刺过深可能损伤肺组织导致气胸，表现为突发胸痛、呼吸困难。腹部穴位操作不当可能刺伤肝、脾等脏器，引发内出血或感染风险。此类情况需立即就医处理。
2、晕针反应
约3%-5%患者可能出现心慌、冷汗、头晕等晕针现象，严重者可能昏厥。空腹、疲劳或紧张状态下更易发生，需立即停止治疗并采取平卧位。
3、交叉感染
重复使用针具或消毒不彻底可能导致乙肝、HIV等血源性疾病传播。美国疾控中心曾报道因针灸感染非结核分枝杆菌的案例，规范机构应使用一次性无菌针。
4、神经损伤
风池、环跳等靠近神经干的穴位，若反复强刺激可能引发局部麻木或运动障碍。韩国研究显示0.02%患者出现持续性神经损伤，多数在3-6个月内恢复。
5、延误病情
肿瘤患者错误使用针灸止痛可能延误确诊，糖尿病患者足部感染时针灸可能加重病情。约15%患者因迷信针灸疗效而推迟必要手术或药物治疗。
进行针灸治疗前应选择具备《医疗机构执业许可证》的机构，确认医师持有《医师资格证书》和《针灸师执业证书》。治疗过程中出现异常疼痛、头晕等不适需立即告知医师。凝血功能异常、安装心脏起搏器、妊娠早期等特殊人群应提前告知病史。治疗后24小时内避免泡澡或剧烈运动，若出现持续性疼痛或发热应及时就诊。