支原体和衣原体感染的症状差异主要与感染部位及病原体类型相关，具体表现需结合临床分析。
1、呼吸道感染症状差异
支原体肺炎感染常表现为顽固性干咳，夜间加重，可能伴有中等度发热、咽痛及肌肉酸痛。衣原体肺炎则以阵发性干咳为主，咳嗽持续时间较长，但体温多呈低热或不发热，部分患者可能出现声音嘶哑。两者均可引发支气管痉挛，但支原体感染更易出现皮疹等肺外表现。
2、泌尿生殖系统感染差异
生殖道支原体感染（如解脲支原体）多引起尿道刺痛、分泌物增多，女性可能出现宫颈炎或盆腔炎。衣原体感染（如沙眼衣原体）则更常导致黏液脓性宫颈炎，男性非淋菌性尿道炎特征为晨起尿道口"糊口"现象，部分感染者无症状但具有传染性。
3、眼部及其他系统表现
衣原体可引发包涵体结膜炎和沙眼，出现眼睑肿胀、滤泡增生等特异性改变。支原体感染偶见Stevens-Johnson综合征等严重并发症，而衣原体感染可能继发反应性关节炎，两者均可能通过母婴垂直传播引起新生儿结膜炎或肺炎。
临床诊断需结合核酸检测、血清抗体检测及微生物培养。由于两者对抗生素敏感性不同（支原体对大环内酯类敏感，衣原体多用四环素类），出现持续咳嗽、泌尿系异常分泌物或不明原因发热时，建议及时进行病原学检查，规范用药疗程以减少耐药性产生。