支原体和衣原体的检测方法选择需根据感染部位、症状特点及检测目的综合判断，常见方法包括核酸检测、抗体检测、抗原检测以及病原体培养等。临床通常建议在医生指导下选择适合的检测方案。
核酸检测适用于早期诊断，尤其当患者出现呼吸道、泌尿生殖道等感染症状时，可通过咽拭子、尿液或宫颈分泌物等样本检测病原体DNA或RNA，具有高灵敏度和特异性。抗体检测适合判断感染阶段，如IgM阳性提示近期感染，Igg阳性则可能为既往感染，需结合临床表现分析。抗原检测操作简便、耗时短，常用于门诊快速筛查，但灵敏度相对较低，可能出现假阴性结果。病原体培养是诊断金标准，但耗时长且对实验室条件要求较高，多用于科研或疑难病例确诊。
若疑似急性感染且需快速明确病原体，可优先选择核酸检测或抗原检测；慢性感染或治疗后复查建议抗体检测；特殊部位感染（如盆腔炎）需根据样本获取难度选择检测方法。检测前应避免服用抗生素，以免影响结果准确性。最终方案需由医生综合病史、体征及实验室条件制定，必要时联合多种方法提高诊断率。