支原体感染治疗后复发可能与治疗不彻底、病原体耐药、再次接触感染源等因素有关。具体原因包括未规范用药、混合其他病原体感染、自身免疫力低下等，需结合个体情况综合分析。
1、治疗不彻底
部分患者在症状缓解后自行停药，未完成医生建议的疗程，残留的支原体可能在体内继续繁殖。例如治疗肺炎支原体感染通常需要连续服用阿奇霉素10-14天，若中途停药易导致病原体未被完全杀灭。不规范用药还可能使支原体形成L型变异，对抗生素敏感性下降。
2、病原体耐药
近年来大环内酯类药物耐药率显著升高，北京地区肺炎支原体对红霉素耐药率已达80%以上。若初始治疗方案未根据药敏试验选择敏感抗生素，如继续使用阿奇霉素治疗耐药菌株，可能导致治疗失败。此时需更换多西环素、莫西沙星等二线药物。
3、重复暴露感染
支原体可通过飞沫或性接触传播，在集体生活场所或未采取防护措施的性行为中易发生再感染。临床数据显示，泌尿生殖道支原体感染患者中，约30%因伴侣未同步治疗导致反复交叉感染。治疗期间密切接触者需同步筛查，并做好个人防护。
支原体感染复发后建议进行病原体培养及药敏试验，根据结果调整治疗方案。治疗期间需严格遵医嘱足量足疗程用药，避免酗酒和过度劳累，治疗结束后1个月应复查核酸或抗体检测确认清除效果。免疫力低下者可酌情补充维生素C、锌等营养素辅助恢复。