长期服用枳椇子可能存在一定的副作用，但具体是否发生因人而异。该药物作为中药材，通常需要在医生指导下合理使用，避免自行长期或过量服用。
枳椇子含有多种活性成分，长期服用可能增加肝脏代谢负担，尤其对于肝功能异常或慢性肝病患者，可能引发肝酶升高等异常反应。部分人群过量服用后可能出现恶心、腹胀等胃肠不适，这与其中某些成分刺激胃肠道黏膜有关。此外，枳椇子具有一定降血糖作用，糖尿病患者若同时使用降糖药物，可能增加低血糖风险。
使用含枳椇子的药物或保健品时，建议遵循医嘱控制用药时长和剂量。用药期间需定期监测肝功能、血糖等指标，若出现食欲减退、乏力或心悸等异常症状应及时停药并就医。特殊人群如孕妇、哺乳期女性及过敏体质者，更应谨慎使用该药材。