肠镜检查过程中可能会有一定程度的不适感，但通常可以耐受。检查前医生会采取相应措施减轻不适，具体感受因人而异。
肠镜不适感主要与肠道准备和检查操作有关。检查前需服用清肠药物排空肠道，部分人可能出现腹胀、恶心或饥饿感。检查时医生会将肠镜从肛门插入，并在充气扩张肠道时可能产生牵拉感或胀痛，尤其在经过肠道弯曲部位时较为明显，但多数患者可通过深呼吸缓解。
对于疼痛敏感或紧张的患者，可选择无痛肠镜。无痛肠镜通过静脉麻醉使患者在睡眠中完成检查，完全避免操作时的不适感。但麻醉存在一定风险，需麻醉医师评估身体状况。检查后可能出现短暂腹胀，通过排气即可缓解，肠道黏膜轻微损伤引起的隐痛通常1-2天消失。
建议检查前与医生充分沟通自身耐受力，焦虑者可提前进行呼吸训练。检查过程中保持放松，根据医生提示调整体位。若出现剧烈疼痛应立即告知医生，必要时终止检查。术后避免立即进食刺激性食物，出现持续腹痛或便血应及时就诊。