柯萨奇病毒感染目前尚无特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主，多数患者可自行痊愈。常见治疗方法包括一般治疗、对症治疗、抗病毒治疗、并发症处理以及免疫调节治疗，需根据病情严重程度选择。
1、一般治疗
患者需卧床休息，保持口腔清洁，选择流质或半流质饮食。体温超过38.5℃时可采用物理降温，如温水擦浴。注意隔离避免交叉感染，每日监测体温和症状变化。
2、对症治疗
针对发热可使用布洛芬混悬液或对乙酰氨基酚片退热。口腔疱疹疼痛明显时，可用开喉剑喷雾剂局部缓解。皮肤疱疹破损可涂抹炉甘石洗剂，继发感染时使用莫匹罗星软膏。
3、抗病毒治疗
重症病例可考虑使用重组人干扰素α1b雾化吸入，更昔洛韦注射液静脉滴注。利巴韦林气雾剂可用于呼吸道局部治疗，但需注意可能引起的贫血等副作用。
4、并发症处理
合并脑炎需使用甘露醇注射液脱水降颅压，甲泼尼龙琥珀酸钠控制炎症反应。心肌炎患者需绝对卧床，静脉注射丙种球蛋白调节免疫，同时进行心电监护。
5、免疫调节治疗
免疫功能低下者可使用匹多莫德口服液增强免疫力，脾氨肽冻干粉调节细胞免疫功能。胸腺肽肠溶片适用于反复感染的患者，需监测肝肾功能变化。
柯萨奇病毒感染具有自限性，但需警惕重症化倾向。若出现持续高热、精神萎靡、肢体抖动等症状，应立即前往感染科或儿科就诊。治疗期间避免擅自使用抗生素，保持环境通风，做好患者用品消毒。疫苗接种是预防手足口病相关柯萨奇病毒感染的有效手段。