经颅磁刺激治疗通常安全性较高，但部分患者可能会出现一定副作用。该治疗的不良反应大多较轻微，多数可自行缓解，但少数情况下也可能出现较严重的并发症。
头痛是较常见的副作用，可能与磁场刺激引起的头皮肌肉收缩或神经反应有关，一般休息后可自行缓解。头皮不适或刺痛感也可能在治疗部位出现，通常与刺激强度或定位有关，调整参数后多能减轻。少数患者会出现耳鸣或听力变化，可能与治疗时产生的噪音有关，使用耳塞防护有助于降低风险。极少数情况下可能诱发癫痫发作，尤其是存在癫痫病史或使用高强度刺激时，需严格遵循操作规范并评估适应症。
接受经颅磁刺激治疗建议选择正规医疗机构，由经过专业培训的医生进行操作。治疗前需详细告知医生个人病史及用药情况，治疗过程中出现异常反应应及时告知操作人员。治疗后注意观察自身状态，若出现持续头痛、抽搐等严重症状需立即就医。