通常需根据个体肠道菌群失衡的原因及症状选择合适方案，常见方法包括益生菌、益生元、抗生素治疗、粪菌移植以及饮食调理等。具体用药需在医生指导下进行。
1、益生菌
益生菌是直接补充有益菌群的药物，如双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等。这些药物通过增加肠道内乳酸菌、双歧杆菌等有益菌数量，抑制致病菌过度繁殖，从而恢复菌群平衡。适用于腹泻、便秘或抗生素相关性肠炎患者。
2、益生元
乳果糖口服溶液、低聚果糖等益生元可促进肠道内有益菌生长。这类药物不被人体直接吸收，而是作为有益菌的营养来源，刺激其增殖。适用于慢性便秘或需长期调理肠道功能的患者。
3、抗生素治疗
当肠道菌群失衡由艰难梭菌等致病菌过度增殖引起时，需使用甲硝唑片、万古霉素胶囊、利福昔明片等抗生素。这类药物能针对性抑制致病菌，但需严格遵医嘱使用，避免破坏正常菌群。
4、粪菌移植
通过将健康供体的粪便菌群移植到患者肠道，可快速重建正常菌群结构。该治疗需在正规医疗机构进行，主要用于复发性艰难梭菌感染等严重菌群失调病例。
5、饮食调理
日常增加膳食纤维（如燕麦、苹果）、发酵食品（如酸奶、纳豆）的摄入，保证每日饮水量1500-2000ml。饮食调整能持续改善肠道环境，需与药物治疗配合进行。
改善肠道菌群需避免自行服用药物，特别是抗生素可能加重菌群紊乱。建议就诊消化内科进行粪便菌群检测，根据检查结果选择治疗方案。日常注意规律作息，减少高脂高糖饮食，循序渐进调整饮食习惯。