益生菌的连续服用时间需要根据使用目的和个体情况决定，通常短期使用较为安全，长期服用需谨慎。对于不同需求的人群，建议在医生指导下合理调整用药周期。
急性腹泻或菌群紊乱时，益生菌一般建议连续服用1-2周。这种情况多用于抗生素相关性腹泻、旅行者腹泻等急性症状的辅助治疗，待症状缓解后即可停用。若用于慢性肠道问题如肠易激综合征，可能需要持续服用4-8周，但需定期评估效果。临床常用枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、双歧杆菌三联活菌散等药品级益生菌制剂，这类药物建议最长使用不超过2个月。
需特别注意益生菌药品与保健品的区别。药品级益生菌如地衣芽孢杆菌活菌胶囊通常疗程明确，而保健品类益生菌虽可较长期服用，但建议每3个月暂停1个月观察肠道自我调节能力。长期不间断服用可能影响肠道自身菌群平衡，部分研究显示超过6个月的持续使用可能降低肠道免疫功能。婴幼儿及免疫缺陷者使用更需严格遵循医嘱，避免引发机会性感染风险。
建议在服用益生菌期间定期进行肠道菌群检测，若发现菌群多样性恢复应及时调整用量。日常需注意与抗生素间隔2小时服用，储存时需按要求冷藏避光。任何益生菌制剂连续使用超过3个月，都需重新评估使用的必要性，避免形成菌群依赖。