阴道超声检查一般不会引起明显疼痛，但部分人群可能会有轻微不适感，具体感受因人而异。多数情况下，这种不适在可承受范围内，且检查后不适感会很快消失。
检查过程中使用的探头直径较小，通常会涂抹耦合剂并佩戴一次性避孕套以方便进入。对于没有妇科炎症或阴道损伤的女性，操作时可能仅会感到轻微压迫感或凉意。若存在急性盆腔炎、阴道黏膜破损、子宫内膜异位症等情况，接触性刺激可能引发疼痛反应。此外，过于紧张导致的肌肉紧绷可能增加检查时的不适感，建议检查前深呼吸放松。
检查后24小时内出现少量淡粉色分泌物属于正常现象，无需特殊处理。若出现持续出血、剧烈腹痛或发热等症状，应及时返院就诊。检查前应避开月经期，排空膀胱更有利于获得清晰影像。对橡胶过敏者需提前告知医生更换防护用具，处女膜完整的女性原则上不进行此项检查。