功能性消化不良通常可以在医生指导下使用促胃肠动力药、抑酸药、消化酶制剂等药物改善症状，具体用药需根据患者病情选择。若长期不适或症状加重，建议及时就医评估。
1、促胃肠动力药
这类药物可通过促进胃排空、增强胃肠蠕动缓解腹胀、嗳气等症状。常用药物包括多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片、盐酸伊托必利片等，但需注意部分药物可能存在心律失常等不良反应，心脏疾病患者需谨慎使用。
2、抑酸药
对于伴有反酸、烧心等症状的患者，可使用质子泵抑制剂如奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片，或H2受体拮抗剂如盐酸雷尼替丁胶囊。这类药物通过抑制胃酸分泌减轻胃黏膜刺激，疗程一般不超过8周。
3、消化酶制剂
复方消化酶胶囊、胰酶肠溶胶囊等药物可补充消化酶，帮助分解食物中的蛋白质、脂肪，改善因消化酶不足导致的早饱、餐后腹胀。建议随餐服用以提高疗效。
4、中成药
部分患者可遵医嘱使用保和丸、枳术宽中胶囊等中成药，这类药物具有健脾和胃、行气消胀的作用，但需辨证论治，避免盲目使用。
5、抗焦虑药物
对于伴有焦虑、抑郁状态的患者，医生可能会短期使用阿普唑仑片、盐酸帕罗西汀片等药物，但需严格掌握适应症和疗程。
日常需注意规律饮食，避免暴饮暴食及油腻辛辣食物。用药期间若出现腹痛加重、黑便、持续呕吐等警报症状，应立即停药并就医。不建议自行联合多种药物使用，以免加重胃肠负担或引发药物相互作用。