目前尚无特效药物可以完全清除HPV病毒，但临床常使用重组人干扰素α2b凝胶、保妇康栓、咪喹莫特乳膏等药物辅助治疗，以抑制病毒增殖和增强免疫力。对于持续感染或出现病变者，需结合物理或手术治疗。
1、重组人干扰素α2b凝胶
该药物通过抑制病毒DNA复制和蛋白质合成，降低病毒载量。重组人干扰素α2b凝胶常用于宫颈、外阴等部位HPV感染，可减少病毒活性，但需连续使用3个月经周期。
2、保妇康栓
作为中成药栓剂，主要含莪术油等成分，具有行气破瘀功效。适用于HPV感染伴随的宫颈炎性反应，能改善局部微环境，抑制病毒定植，通常每晚阴道给药1枚。
3、咪喹莫特乳膏
这种免疫调节剂通过激活局部Toll样受体，刺激细胞因子分泌，增强机体对HPV的免疫识别。5%浓度制剂每周使用3次，疗程不超过16周，对尖锐湿疣有效率约50%。
4、中药制剂
派特灵等中药提取物通过腐蚀作用去除疣体，其鸦胆子、苦参等成分可抑制表皮细胞过度增生。需由专业人员操作，使用周期通常为4-6周，可能引起局部刺激反应。
5、定期复查监测
无论是否用药，每6-12个月需进行HPV分型检测和TCT检查。持续性高危型感染超过2年者，建议阴道镜评估，必要时行宫颈锥切术阻断癌变进程。
患者应保持规律作息，适当补充硒元素和维生素，避免多个性伴侣。用药期间出现异常出血或疼痛需立即停用并就诊，切忌自行购买腐蚀性药物处理。妊娠期感染者应在产科医生指导下选择对胎儿安全的治疗方案。