透明隔囊肿通常不会自行消失，其是否能够消失需要根据具体情况进行判断。该囊肿多为先天性发育异常或病理性因素引起，部分可能伴随其他神经系统疾病，需结合影像学检查及临床表现综合评估。
1、先天性因素
透明隔囊肿多为先天发育过程中透明隔未完全闭合所致，属于静止性病变。这类囊肿通常体积较小且长期稳定，不会引起明显症状，也不会自行缩小或消失。患者可能终身携带而无须特殊处理，但需定期复查以监测变化。
2、病理性因素
若囊肿因炎症、创伤或出血等原因继发形成，且体积进行性增大压迫周围脑组织，可能出现头痛、视力模糊等症状。这种情况需通过神经外科手术进行囊肿造瘘或分流治疗，术后囊肿可能缩小，但完全消失的概率较低。未经治疗的病理性囊肿一般不会自行消退。
3、特殊情况
极少数婴幼儿的透明隔囊肿可能随颅脑发育出现形态改变，但这属于生理性腔隙调整而非真正意义上的囊肿消失。成年人的囊肿一旦形成，其解剖结构已固定，几乎不会发生自发吸收。
建议确诊透明隔囊肿的患者每6-12个月进行头颅MRI复查，关注是否出现新的神经系统症状。无症状者无需过度干预，若出现进行性头痛、恶心呕吐或视力障碍等表现，应及时到神经外科就诊评估治疗指征。